- a -

• alignChromatogramsCpp() : DIAlign
• areaBwBoundaries() : DIAlign

- c -

• calcNoBeefMask() : DIAlign::ConstrainMatrix
• clamp() : DIAlign::SimilarityMatrix
• constrainSimilarity() : DIAlign::ConstrainMatrix

- d -

• distToSim() : DIAlign::SimilarityMatrix
• divideVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix
• doAffineAlignment() : DIAlign::AffineAlignment , DIAlign
• doAlignment() : DIAlign::Alignment

- e -

• ElemWiseOuterCosine() : DIAlign::SimilarityMatrix
• ElemWiseSumOuterEucl() : DIAlign::SimilarityMatrix
• ElemWiseSumOuterProd() : DIAlign::SimilarityMatrix
• ElemWiseSumOuterProdMeanSub() : DIAlign::SimilarityMatrix
• EnumToChar() : DIAlign::Traceback
• eucLenVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix

- f -

• fillSimPath() : DIAlign::AffineAlignment

- g -

• getAffineAlignedIndices() : DIAlign::AffineAlignment , DIAlign
• getAlignedIndices() : DIAlign::Alignment
• getForwardSim() : DIAlign::AffineAlignment
• getGapPenalty() : DIAlign
• getOlapAffineAlignStartIndices() : DIAlign::AffineAlignment
• getQuantile() : DIAlign::Utils
• getSimilarityMatrix() : DIAlign , DIAlign::SimilarityMatrix

- l -

• L2NormalizeVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix

- m -

• meanNormalizeVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix
• meanVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix

- o -

• operator<<() : DIAlign::Traceback

- p -

• perSampleEucLenVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix
• perSampleMeanVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix
• perSampleSqrSumVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix
• perSampleSumVecOfVec() : DIAlign::SimilarityMatrix

- s -

• SumOuterCorr() : DIAlign::SimilarityMatrix
• SumOuterCosine() : DIAlign::SimilarityMatrix
• SumOuterCov() : DIAlign::SimilarityMatrix
• SumOuterEucl() : DIAlign::SimilarityMatrix
• SumOuterProd() : DIAlign::SimilarityMatrix