- a -

• A : DIAlign::AffineAlignObj
• alterAlignScore : DIAlign::AlignObj

- b -

• B : DIAlign::AffineAlignObj

- d -

• data : DIAlign::SimMatrix

- f -

• FreeEndGaps : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj

- g -

• GapExten : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• GapOpen : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj

- i -

• indexA_aligned : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• indexB_aligned : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj

- m -

• M : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• M_forw : DIAlign::AlignObj

- n -

• nGaps : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj

- o -

• OptionalPaths : DIAlign::AlignObj

- p -

• Path : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj

- s -

• s_data : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• score : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• score_forw : DIAlign::AlignObj
• signalA_len : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• signalB_len : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• simPath : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj
• simScore_forw : DIAlign::AlignObj

- t -

• Traceback : DIAlign::AffineAlignObj , DIAlign::AlignObj